Через полгода после занятий по переводам, составлению каталога минералов и т. д. Ломоносов становится адъюнктом физического класса Академии наук. Очень скоро молодому адъюнкту пришлось принять участие в академических делах; от него не могло укрыться тяжёлое положение академии, самоуправство Шумахера, засилие немецкой партии. Он не преминул примкнуть к русской партии, возглавляемой Нартовым, принял участие в обвинении Шумахера, по которому последний был арестован и назначена следственная комиссия. Но Нартов, искусный токарь, понимавший толк в "художествах" и хорошо чувствовавший, что дела в Академии идут, не так, как мыслил её основатель, конечно, не был в со-стоянии руководить академическими делами,поэтому положение оставалось тяжёлым. Ломоносов видел, что в академии нет прежних крупных имён, и хорошо сознавал своё превосходство над бездарными профессорами-немцами. Стычки его с последними в академической конференции учащались, наконец ему запретили временно посещать конференцию. Это вывело Ломоносова из себя: 26 апреля 1743 г. он заявился в академию, прошёл в шляпе в географический департамент, оскорбил профессора Вингсгейма, назвав его и прочих немцев-академиков "гунсвотами", т. е. "сукиными детьми". Как записано в свидетельских показаниях, Ломоносов говорил, что он "де не хуже вас профессоров и к тому же природный русский".
В результате этого инцидента была подана в следственную комиссию жалоба академиков-немцев на Ломоносова, и с 28 мая 1743 г. по 18 января 1744 г. Ломоносов находился под арестом. Дело могло кончиться скверно; следственная комиссия в составе гр. Головина, кн. Юсупова и ген.-лейт. Игнатьева, нашедшая возможным оправдать и освободить 28 декабря 1742 г. Шумахера, приговорила Ломоносова к лишению прав, телесному наказанию и ссылке. Только, вероятно, вследствие заступничества И. И. Шувалова вышел указ 18 января 1744 г.: "адъюнкта Лохмоносова для довольного его обучения от наказания освободить, а во объявленных учинённых им продерзостях у профессоров просить ему прощение, а что он такие непристойные проступки учинил в комиссии и в конференции, яко в судебных местах, за то давать ему, Ломоносову, жалованье в год по нынешнему его окладу половинное; ему же, Ломоносову, в канцелярии Правительствующего Сената объявить с подписью, что ежели он впредь в таковых продерзостях явится, то поступлено будет с ним по указам неотменно". Другими словами, приговор комиссии был объявлен условным.
Конечно, "продерзости" Ломоносова были неуместны в академическом собрании, но нужно заметить, что по тем временам они не представляли чего-либо из ряда вон выходящего. Вспомним, что сам почтенный президент Лондонского королевского общества Исаак Ньютон на официальном заседании Совета в споре с астрономом Флемстидом, по свидетельству последнего, "разъярился и называл меня скверными словами, щенком и пр., какие он только мог придумать". На тех же заседаниях Петербургской академической конференции нередко дело доходило до палок.
Известно далее, что первый химик, академик Бюргер, возвращаясь из гостей от президента Блюментроста, выпал в пьяном виде из экипажа и разбился насмерть. Таким образом, повторяем, в поведении Ломоносова не было чего-либо исключительного. Строгое отношение к нему было вызвано самим фактом "строптивого поведения" безвестного русского адъюнкта против "знаменитых" иноземных академиков.
Ломоносову пришлось публично извиниться и обещать не посягать "на доброе имя и на репутацию известнейших господ профессоров сей Императорской академии наук". Ломоносов, очевидно, учёл старое римское правило "quod licet Iovi, non licet bovi"*, и, не прекращая своей борьбы за превращение академии в национальный научный центр, развёртывая интенсивную научную и литературную работу, добивается получения академической кафедры.
* ("Что позволено Юпитеру, не позволено быку".)
Уже в феврале 1744 г., т. е. менее чем через месяц после освобождения, появляется известие о новой диссертации Ломоносова: "О нечувствительных физических частичках", затем в том же году он закончил замечательную работу: "Размышления о причине теплоты и холода". Большую известность доставили Ломоносову его стихотворные произведения, из которых особенно выделяются "Вечернее" и "Утреннее размышление о божьем величии", написанные ещё во время ареста. Так как вообще в соответствии с условиями заграничной командировки предполагалось производство командированных в профессора, по возвращении их из-за границы с надлежащими аттестатами, то Ломоносов счёл себя вправе подать в апреле 1745 г. рапорт о назначении его профессором химии. Несмотря на полную оправданность рапорта Ломоносова, Шумахер пытался препятствовать назначению Ломоносова. Когда конференция, рассмотрев рапорт Ломоносова на заседании 3 мая 1745 г., согласилась с тем, что Ломоносов является достойным кандидатом, и предложила ему в формальном порядке написать и защитить диссертацию из металлургии, что Ломоносов и выполнил уже 14 июня того же года, то Шумахер решил использовать авторитет Эйлера, чтобы очернить нового профессора. Профессорскую диссертацию Ломоносова "О светлости металлов" и его знаменитые работы "Размышление о причине теплоты и холода" и "Попытка теории упругой силы воздуха" он послал на отзыв Эйлеру. Ломоносов правильно оценил значение этого акта Шумахера, который действительно любопытен. Во-первых, Шумахер, очевидно, сознаёт, что авторитет оставшихся в Петербурге академиков невелик, их отзыв для Ломоносова не будет иметь значения. Во-вторых, апеллируя к Эйлеру, Шумахер не только рассчитывает на его авторитет, ставший к тому времени совершенно бесспорным, но и на "услугу" с его стороны (Эйлер был в то время почётным академиком Петербургской академии). Характерен и самый выбор диссертаций: вероятно, Шумахер слышал или догадывался о несоответствии их общепринятым в тогдашней науке воззрениям. Но, как бы то ни было, Шумахер ошибся в расчётах. Эйлер прислал (вероятно, в начале 1746 г.- Ломоносов стал профессором с 25 июля с. с. 1745 г.) хвалебный отзыв. Приводим в переводе Куника текст этого отзыва:
"Все записки г. Ломоносова по части физики и химии не только хороши, но превосходны, ибо он с такою осторожностью излагает любопытнейшие, совершенно неизвестные и необъяснимые для величайших гениев предметы, что я вполне убеждён в истине его объяснений. По сему случаю я должен отдать справедливость г. Ломоносову, что он обладает счастливейшим гением для открытия феноменов физики и химии; и желательно бы было, чтоб все прочие академики были в состоянии производить открытия, подобные тем, которые совершил г. Ломоносов..."
Эйлер неизменно поддерживал научные взгляды Ломоносова и в своих "Письмах к немецкой принцессе" излагает свои физические воззрения, во многом совпадающие с ломоносовскими. Несомненно, что смелые ломоносовские идеи импонировали Эйлеру и влияли на его взгляды. Оба великих учёных до конца дней сохраняли друг к другу взаимное уважение. Таким образом, вылазка Шумахера потерпела полный крах. Ломоносов активно борется за улучшение академии, университета и гимназии, за превращение её в подлинный рассадник русской науки. Впоследствии Ломоносов в своей "Краткой истории Академической канцелярии" вспоминает плоды шумахеровского правления.
Прошло двадцать лет со дня организации академии. Но академия ещё не имеет утверждённого устава, растеряла кадры, университет и гимназия влачат жалкое существование, не подготовив ни одного человека для академии. Канцелярия душит академическую инициативу, тормозит дело развития русской науки. Ломоносов стремится привести "в вожделенное течение гимназию и университет, чтоб оттуда могли произойти многочисленные Ломоносовы", а заправилы канцелярии, сначала Шумахер, а затем его зять Тауберт, всячески противились этому: "Разве нам десять Ломоносовых надобно,- говорил Тауберт,- и один нам в тягость". "Я великую прошибку в политике своей сделал,- сетовал Шумахер,- что допустил Ломоносова в профессоры". И действительно,.всю свою жизнь Ломоносов неустанно боролся за процветание наук в России, за то, чтоб вырастить российских Невтонов и Платонов, которых - он твёрдо был убежден в этом - "может российская земля рождать".
В борьбе за устав и регламент академики добились некоторых формальных успехов. 21 мая 1746 г. был назначен президент, а в 1747 г. был утверждён устав Академии, университета и гимназии. Но президентом был назначен молодой гетман Малороссии Кирилл Григорьевич Разумовский, мало понимающий в науках и вообще мало уделяющий внимания академическим делам, и канцелярия с Шумахером продолжали править делами. Новый устав не внёс каких-либо существенных изменений в положение вещей.
Ломоносов справедливо считал, что университета в России не существует. Университет должен быть торжественно открыт ("инавгурация"), чтобы о его существовании знали во всём учёном мире, он должен иметь определённые права и привилегии. Важнейшими из таких привилегий Ломоносов считал академическую автономию, свободу преподавания. Он указывал, что "духовенству к учениям, правду физическую для пользы и просвещения показующим, не привязываться, а особливо не ругать наук в проповедях". Ломоносов настаивал на широкой демократизации университета, его двери должны быть открыты для всех сословий, в том числе и для крестьян, положенных в подушной оклад. Ломоносов настаивал на том, чтобы университет выполнял своё назначение рассадника русской науки. Сколько энергии и сил положил он для осуществления этой великой цели! В тяжёлые минуты, когда в борьбе с явными врагами, с равнодушием правящих кругов истощалась энергия, он записывал: "за то терплю, что стараюсь защитить труд Петра Великого, чтоб научились Россияне, чтобы показали своё достоинство...". Эти слова - девиз его жизни.