Мы уже отмечали, что в этом предисловии Коте нападает на основной тезис картезианцев - об однородности материи, все явления в которой определяются простыми законами. Богатство форм и разнообразие явлений мира, по мнению Котса, не могли произойти иначе, как по воле божества. Бентли в письме к Ньютону 18 февраля 1692 г. приводит аргументы, долженствующие опровергнуть тезис Декарта, что материя по внутренней естественной необходимости должна перейти из первичного хаоса в мир, управляемый простыми законами. Этому тезису Бентли-Котса противоречила третья гипотеза Ньютона, она и была исключена. Но эта гипотеза у Ньютона не была случайностью, Ньютон много занимался алхимией, и учение о взаимном превращении элементов органически связано со всем его мировоззрением. Мы уже отмечали, что в мемуаре 1675 г. он высказывает мысль, что, "может быть, все вещи произошли от эфира".
Ньютон возвышается до представления о всеобщей превратимости форм движущейся материи, предвосхищая результаты современной физики атомных процессов. "Не обращаются ли большие тела и свет друг в друга и не могут ли тела получать значительную часть своей активности от частиц света, входящих в их состав?"- спрашивает он в тридцатом вопросе "Оптики" и замечает, что "превращение тел в свет и света в тела соответствует ходу природы, которая как бы услаждается превращениями".