18 лет, которые провёл Галилей в Падуе, были насыщены открытиями в области механики, гидростатики, сопротивления материалов, акустики и, наконец, астрономии. Этот период сам Галилей, несмотря на нелюбовь к преподавательской деятельности, называл счастливыми годами своей жизни.
Но это был ещё период накопления материала, выводов, открытий. Галилей ещё очень немногое опубликовал, а многое даже не обработал. Публикация основных трудов была ещё впереди. Пока он переживал период успеха своих астрономических открытий.
Когда Галилей в 1611 г. поехал в Рим, это была его триумфальная поездка. Великий герцог снабдил его средствами для поездки и рекомендательными письмами к владетельным в Риме лицам.
Учёные-иезуиты в римской коллегии встретили его с почётом и становились на его сторону в спорах о правдоподобности его последних открытий. Так же восторженно его встретили при папском дворе, где он приобрёл новых высоких покровителей. Всё шло хорошо. Никто ещё не понимал, какое значение для подрыва догматов церкви имели открытия этого почётного гостя.
Галилей возвратился домой. Теперь, казалось бы, ничто не мешало его работе. В 1612 г. он издал свой труд "Рассуждения о телах, пребывающих в воде, и тех, которые в ней движутся".
Под этим "спокойным" названием была скрыта первая работа Галилея, прямо направленная против взглядов Аристотеля. В этом труде разбираются законы равновесия в жидких телах и гидростатическим путём обосновывается метод возможных перемещений.
Если первое столкновение с взглядами Аристотеля произошло на сравнительно спокойном участке борьбы, то письмо Галилея о солнечных пятнах, написанное в это же время и получившее широкое распространение, было уже столкновением на главном участке. И это не могло не сказаться на отношениях церковников к Галилею.
Вслед за письмом Галилея к аббату Кастелли, посвященном разбору вопроса о солнечных пятнах, последовал донос доминиканца Каччини в инквизицию, Но репутация Галилея ещё была вне сомнения, У него в Риме были высокие покровители, и доносу не дали ходу.
Но перипатетики не утихали Они всячески пытались доказать, что труды Галилея крамольны, направлены против основ религии. Они всячески добивались официального решения о несовместимости учения Коперника с догматами церкви.
Следует второй донос на Галилея, некоего Лорини. Отношение к Галилею в Риме начало меняться. Его покровители всё больше занимали по отношению к нему сдержанную, осторожную позицию, Враги же становились всё более активными, Уже не только астрономические взгляды, но и положения новой механики подвергались нападкам. В одном из писем своим покровителям Галилей жаловался на Каччини, который утверждал, что математика - богопротивная наука, а математиков нельзя считать истинными христианами.
Над представителями новой науки всё более сгущались тучи, Галилей вёл обширную переписку, доказывая несправедливость гонений. В 1615 г, он предпринял новую поездку в Рим, Он хотел предотвратить признание учения Коперника еретическим учением, Галилей хотел также личными объяснениями рассеять всё более растущие по его адресу обвинения.
Друзья и покровители Галилея пытались доказать, что коперниканские взгляды Галилей принимает не абсолютно, а как удобный математический приём, и что это, мол, не является враждебным актом против религии.
Для этой поездки великий герцог снабдил Галилея рекомендательными письмами к кардиналам. В них он писал: "Математик Галилей направляется в Рим; он отправляется по своему желанию, чтобы отвести от себя некоторые обвинения или, лучше сказать, клеветнические наветы". И далее: "Я всегда считал его человеком благонамеренным и очень преданным и ревностным в религиозном отношении... Я убеждён, впрочем, что он оправдается во всех своих поступках и что его мнения отнюдь не являются ошибочными, как это хотят доказать некоторые".
В Риме ему всё же пришлось давать показания. Ему удалось, однако, с помощью высоких покровителей отвести обвинения от себя, но не удалось предотвратить осуждения тех взглядов, которые ему были дороги. Наоборот, в 1616 г. решением конгрегации инквизитороз был опубликован декрет, которым принятие и распространение учения Коперника как истинного признавалось пагубным для католической догмы, а книга Коперника была включена в список "временно задержанных и подлежащих исправлению".
Перед Галилеем стала дилемма: отречься от своих взглядов или вступить в открытый конфликт с официальной церковью. Попытки примирить свою официальную религиозность и дружбу с церковью с защитой взглядов, которые он считал единственно правильными, делались всё более невозможными.